自1984年起，以促進醫學學科發展為目的，原衛生部啟動重點實驗室（含工程技術中心）建設，實驗室主要布局在原衛生部直屬醫學院校，兼顧了部分地方醫學高校和醫療衛生機構，至2013年，共建設重點實驗室81家。為加強計劃生育科研能力和計生技術監測工作，原國家人口計生委在部分地區建設重點實驗室，共建成12家（其中2013年集中建設10家，由國家發展改革委投入建設經費）。2013年兩部門整合組建國家衛生計生委后，未新增建設。經過“十二五”評估和原國家計生委建設重點科研基地驗收后，共有國家衛生健康委重點科研基地88個。

2018年4月，國家衛生健康委辦公廳印發《關于委托中國醫學科學院承擔“十三五”期間委級重點科研基地日常管理工作的函》（國衛辦科教函〔2018〕286號），正式將委重點科研基地的日常管理工作委托給中國醫學科學院，以進一步探索“管辦分開，政事分離”，推動科技體制改革，強化委重點科研基地規范管理。

為加強中西部地區醫學科技支撐能力建設，服務支撐區域衛生健康服務能力提升，在國家衛生健康委指導下，中國醫學科學院具體組織新建委省共建重點實驗室的申報及林遴選工作。經國家衛生健康委批準，2019年，面向河北等中西部地區新增委省共建重點實驗室13個；2020年面向山西等部分地區新增委省共建重點實驗室6個；2021年新增委省共建重點實驗室2個。

截至目前共有委重點科研基地109個（含委省共建重點實驗室21個），已實現我國大陸地區31個省市和新疆生產建設兵團的地域分布內的全覆蓋。

委重點科研基地作為我國衛生健康科技創新體系的重要組成部分，認真貫徹實施創新驅動發展戰略，以人民健康為中心，聚焦行業重大需求，在轉化醫學與臨床醫學研究、藥物與器械研發、疾病防治技術與策略、衛生政策與管理等方面積極開展創新研究，取得一系列成果并應用于實踐，為解決行業關鍵科學和技術問題、促進科技進步、支撐健康中國建設發揮了重要作用。作為國家級科研基地的培育平臺，委重點科研基地成功孵育了生殖醫學國家重點實驗室、眼科學國家重點實驗室、傳染病診治國家重點實驗室和國家眼視光工程技術研究中心等國家級科研級基地，進一步壯大和發展了衛生健康科技創新的國家隊、排頭兵。